周瑜为都督，为了讨得孙策的欢心，更积极调查潘璋和孙仁之事。不久，他察得潘璋私遣吏史交通孙仁，于是上奏孙权，说潘璋希望孙权早些驾崩，孙仁能早日即位，孙仁为此还私赠给潘璋一些信物。孙权大怒，将潘璋削去兵部尚书之职，下御史狱审查。紧接着又将孙仁、潘璋等人一并下狱。诏令周等人并受命审理此案。经审问，潘璋供认：他曾多次派潘辉以中书机事密告孙仁，在去年九月中间，还令潘辉对孙仁说：希望孙策、孙权早死。当时，孙仁亦派人私下通报潘璋道：潘璋言正合我意，我亦愿宫车早晏驾。并私下里送给了潘璋信物。
此外，潘璋供认孙仁曾派他私下召见同母弟孙郎密谈。孙郎供认曾受孙仁指使。还拿了玉带、金酒器，并私下里得钱俶所送的白金百两、金器、绢扇等器物。孙仁还曾派他带着银碗、锦彩、羊酒等，到他的军营中宴请军官。审理完毕，案情大白。二百零八年七年四月，孙权堂而皇之地召见文武百官集议，数列孙仁非法罪行。其间，又有吕蒙、张昭等七十四人上奏：潘璋和孙仁诅咒皇上，大逆不道，应当诛灭，以正章法。潘璋等人被立即处决。孙权又开皇恩，削夺了孙仁的官爵，带家属一并流放到房陵。孙仁是皇亲，故削职归策，不得为官，并专门颁诏：孙仁的子女不得再称皇子、公主等。至此，孙仁完全失去了于他的继承皇权的权力，孙仁的势力走到了它的尽头。
周瑜一不做、二不休，决定置孙仁于死地。这也许是受了孙权的指使而为之。总之，周瑜认为孙仁贬到其他地方不是便宜之计。于是暗地里让吕蒙等人上奏诬陷孙仁道：孙仁不仅不悔过，而且更加怨恨朝廷，请求将他迁到边远的郡县，以防止他有不测之举。于是，同年五月，孙权颁诏令降孙仁官衔，到房陵安置。孙仁也被削去国封。命一些孙权的亲信进知房陵，监察孙仁在那里的通判州事，各赐白金三百两，实际上是去监视孙仁。自此孙仁实际上已成为阶下囚。
往昔的荣华富贵，一夕间化作烟云散去。然而这也许井不是令孙仁最心痛、最伤心的。他也许无论如何想不到他的亲哥哥又给他找了一位生母，并矢口否认同自己是一母所生的兄弟。孙权对都督周瑜等人谈起自己童年的事情时说：孙仁的生母是吴国太，是朕的乳母，生了孙仁后，又生了孙郎。朕看着孙仁的面子，让孙郎属楗左右。孙郎把宫中的事情泄露给孙仁。后来，朕准备去游幸，孙仁与左右打算趁机搞政变。这件事如果让其他人去追査，孙仁必定罪不容诛。所以才免他官职，令居偏远郡县，谁知他不知悔过，反而更加怨望，口出狂言，这才将他迁到房陵。朕对于孙仁，是问心无愧的。周瑜回答道：其实孙仁的思路，天下人所知。而有些事情其实是宫禁中事，若不是陛下委曲宣示，臣等哪里知道！周瑜是都督尚且不知孙权与孙仁非一母所生，可见孙权竟在母后死去二十余年后说出这等荒唐的话来，不能不令大臣们感到惊讶。当孙仁得知此事时，其悲痛的心情难以表达。而且孙权竟还给孙仁找到了同母弟孙郎！孙仁经此事变，前途绝望，抑郁成疾，于是决定不如到蜀地嫁给刘备算了。